ชาวอาหรับแผ่อิทธิพลมาถึงประเทศอัฟกานิสถานพร้อมกับนำศาสนาอิสลามเข้ามาตั้งแต่ พ.ศ. 1185 ก่อนหน้านั้นดินแดนอัฟกานิสถานอยู่ภายใต้อิทธิพลของราชวงศ์ถัง อิทธิพลอาหรับ-เปอร์เซียครอบงำอัฟกานิสถานจนถึงยุคจักรวรรดิคาซนาซิดเมื่อ พ.ศ. 1541 มุดแห่งกาซนีเป็นผู้มีอำนาจสูงสุดในยุคนี้และย้ายศูนย์กลางมาอยู่ที่กัซนี ราชวงศ์คาซนาวิดสิ้นอำนาจเมื่อ พ.ศ. 1689 โดยพ่ายแพ้ต่อคูริดส์ คาซนาวิดข่านยังคงมีอำนาจในกัซนีจนถึงพุทธศตวรรษที่ 24 เจ้าชายหลายองค์และเซลจุกเติร์กเข้ามามีอำนาจในส่วนต่างๆของประเทศ จนกระทั่ง ชาห์มูฮัมหมัดที่ 2 แห่งจักรวรรดิควาเรสมิดแห่งเปอร์เซียขยายอำนาจเข้ามาเมื่อ พ.ศ. 1748 ต่อมา พ.ศ. 1762 อัฟกานิสถานถูกมองโกลยึดครอง

การรุกรานของเจงกีสข่านทำให้พื้นที่ทางการเกษตรเสียหายมาก เมื่อเจงกีสข่านถึงแก่กรรมใน พ.ศ. 1767 ดินแดนนี้จึงอยู่ภายใต้การควบคุมของติมูรลัง ทายาทของเจงกีสข่าน ซึ่งรวมอัฟกานิสถานเข้าในจักรวรรดิเอเชียของเขา บาบุร ทายาทของติมูรซึ่งเป็นผู้ก่อตั้งจักรวรรดิโมกุลได้สถาปนากรุงคาบูลเป็นเมืองหลวงของอัฟกานิสถาน

ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 21 – 23 อัฟกานิสถานถูกแบ่งแยกเป็นหลายส่วน ทางเหนืออยู่ภายใต้การควบคุมของอุซเบก ทางตะวันตกอยู่ภายใต้การปกครองของราชวงศ์ซาฟาวิด ทางตะวันออกอยู่ภายใต้การปกครองของจักรวรรดิโมกุลและชาวปาทานท้องถิ่น เมื่อ พ.ศ. 2252 ชาวปาทานเข้ายึดดินแดนที่อยู่ภายใต้การปกครองของราชวงศ์ซาฟาวิดและได้ครอบครองดินแดนอิสฟาฮานของอิหร่านในช่วง พ.ศ. 2262 – 2272

นาดิร ชาห์แห่งเปอร์เซีย ยึดดินแดนคืนได้เมื่อ พ.ศ. 2272 ต่อมาใน พ.ศ. 2281 นาดิร ชาห์ เข้ายึดครอง กันดะฮาร์ กัซนี คาบูลและลาฮอร์ ได้ภายในปีเดียวกัน หลังจากนาดิร ชาห์สวรรคตเมื่อ พ.ศ. 2290 ดุรรานี ชาวปาทาน เข้ายึดครองดินแดนเหล่านี้กลับมาเป็นของอัฟกานิสถานได้อีก